23 июня 1941 года создана Ставка Главного Командования Вооружённых Сил СССР.
Чрезвычайный орган высшего военного управления был образован постановлением Совета Народных Комиссаров СССР и Центрального Комитета ВКП (б) на второй день Великой Отечественной войны. Возглавил её народный комиссар обороны Маршал Советского Союза С. К. Тимошенко. В состав Ставки вошли члены Политбюро ЦК ВКП (б) И. В. Сталин, В. М. Молотов, Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов, заместитель народного комиссара обороны Маршал Советского Союза С. М. Будённый, народный комиссар ВМФ, адмирал Н. Г. Кузнецов и начальник Генерального штаба генерал армии Г. К. Жуков.
Этим же постановлением при Ставке был образован институт постоянных советников, куда были включены Маршалы Советского Союза Б. М. Шапошников и Г. И. Кулик, генералы К. А. Мерецков, П. Ф. Жигарев, Н. Ф. Ватутин, Н. Н. Воронов, а также А. И. Микоян, Л. М. Каганович, Л. П. Берия, Н. А. Вознесенский, А. А. Жданов, Г. М. Маленков, Л. З. Мехлис.
На протяжении всей войны Ставка находилась в Москве, но с началом бомбёжек она была переведена из Кремля в небольшой особняк в районе Кировских ворот. Через месяц на перроне станции метро «Кировская» был подготовлен подземный центр стратегического управления вооружёнными силами. Там были оборудованы кабинеты И. В. Сталина и Б. М. Шапошникова, а также размещалась оперативная группа Генштаба и управлений Наркомата обороны.
8 августа 1941 Сталин был назначен Верховным Главнокомандующим. С этого времени Ставка стала именоваться Ставкой Верховного Главнокомандования (СВГК).
Деятельность Ставки ВГК была масштабной и многоплановой. Ставка вносила изменения и уточнения в структуру и организацию Вооружённых Сил; осуществляла планирование кампаний и стратегических операций; ставила задачи фронтам и флотам и руководила их боевой деятельностью; организовывала взаимодействие между стратегическими группировками и оперативными объединениями различных видов Вооружённых Сил и партизанами; распределяла между фронтами имевшиеся в её распоряжении резервные соединения и материальные средства; осуществляла контроль за ходом выполнения поставленных задач; руководила изучением и обобщением опыта войны.
Основным рабочим органом Ставки ВГК и лично Верховного Главнокомандующего являлся Генеральный штаб Рабоче-крестьянской Красной Армии, тесно взаимодействовавший с управлениями народных комиссариатов обороны и Военно-морского флота.